Rodom Misirac, i u mladosti neznabožac. Kao vojnik učestvovao u borbi cara Konstantina protiv Maksencija. Potom doznavši od hrišćana za jednoga Boga, i vidjevši njihov blagočestiv život, Pahomije se krsti i ode u Tivaidsku pustinju, znamenitom podvižniku Palamonu, kod koga se deset godina učio životu podvižničkom.
Tada mu se javi angel u odijelu shimnika na mjestu zvanom Tavenisiot, i dade mu daščicu, na kojoj beše napisan ustav opštežitelnog manastira, naredivši mu da takav manastir ustroji na tom mestu, proričući mu da će se u tom manastiru steći mnogi inoci radi spasenja duša. Poslušav angela Božjega, Pahomije poče strojiti mnoge ćelije, iako na tom mestu ne beše nikoga osim njega i brata njegovog Jovana. Kada ga ukori brat za to što stroji nepotrebne zgrade, Pahomije mu prosto reče, da on sleduje zapovesti Božjoj bez obzira kad će i ko će tu doći da stanuje. No uskoro se slegoše na to mesto mnogi ljudi, pokrenuti Duhom Božjim, i počeše se podvizavati po ustavu Pahomijevom, dobijenom od angela. A kada se broj inoka uveliča, to Pahomije postepeno osnova još šest manastira. Broj njegovih učenika iznosio je do sedam hiljada.